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前借金相殺の禁止

【労働基準法第17条】
使用者は、前借金その他労働することを条件とする前貸の債権と賃金を相殺してはならない。

つまり、
会社が貸したお金を返さない限り、退職できない、返すまで働けとは言えないということです。

残金が残っていても退職は自由にしなければいけません。
ただ、借りたものは返さないといけませんので、返す義務までなくなる訳ではありません。
返済方法は、双方で決めて返済してもらってください。